Blocking primers to enhance PCR amplification of rare sequences in mixed samples – a case study on prey DNA in Antarctic krill stomachs

Vestheim, Hege; Jarman, Simon N.

doi:10.1186/1742-9994-5-12

Antarktis-bibliografi er en database over den norske Antarktis-litteraturen.

Hensikten med bibliografien er å synliggjøre norsk antarktisforskning og annen virksomhet/historie i det ekstreme sør. Bibliografien er ikke komplett, spesielt ikke for nyere forskning, men den blir oppdatert.

Norsk er her definert som minst én norsk forfatter, publikasjonssted Norge eller publikasjon som har utspring i norsk forskningsprosjekt.

Antarktis er her definert som alt sør for 60 grader. I tillegg har vi tatt med Bouvetøya.

Det er ingen avgrensing på språk (men det meste av innholdet er på norsk eller engelsk). Eldre norske antarktispublikasjoner (den eldste er fra 1894) er dominert av kvalfangst og ekspedisjoner. I nyere tid er det den internasjonale polarforskninga som dominerer. Bibliografien er tverrfaglig; den dekker både naturvitenskapene, politikk, historie osv. Skjønnlitteratur er også inkludert, men ikke avisartikler eller upublisert materiale.

Til høyre finner du en «HELP-knapp» for informasjon om søkemulighetene i databasen. Mange referanser har lett synlige lenker til fulltekstversjon av det aktuelle dokumentet. For de fleste tidsskriftartiklene er det også lagt inn sammendrag.

Bibliografien er produsert ved Norsk Polarinstitutts bibliotek.

Full bibliography

Blocking primers to enhance PCR amplification of rare sequences in mixed samples – a case study on prey DNA in Antarctic krill stomachs

Resource type

Authors/contributors

Vestheim, Hege (Author)
Jarman, Simon N. (Author)

Title

Blocking primers to enhance PCR amplification of rare sequences in mixed samples – a case study on prey DNA in Antarctic krill stomachs

Abstract

Identification of DNA sequence diversity is a powerful means for assessing the species present in environmental samples. The most common molecular strategies for estimating taxonomic composition depend upon PCR with universal primers that amplify an orthologous DNA region from a range of species. The diversity of sequences within a sample that can be detected by universal primers is often compromised by high concentrations of some DNA templates. If the DNA within the sample contains a small number of sequences in relatively high concentrations, then less concentrated sequences are often not amplified because the PCR favours the dominant DNA types. This is a particular problem in molecular diet studies, where predator DNA is often present in great excess of food-derived DNA.

Publication

Frontiers in Zoology

Volume

5

Issue

1

Pages

12 s.

Date

2008

Journal Abbr

Frontiers in Zoology

Language

Engelsk

DOI

10.1186/1742-9994-5-12

ISSN

1742-9994

URL

https://doi.org/10.1186/1742-9994-5-12

Citation

Vestheim, H., & Jarman, S. N. (2008). Blocking primers to enhance PCR amplification of rare sequences in mixed samples – a case study on prey DNA in Antarctic krill stomachs. Frontiers in Zoology, 5(1), 12 s. https://doi.org/10.1186/1742-9994-5-12

Topic

Link to this record

https://antarktisbibliografi.npolar.no/bibliography/MM3P935V